超过法定保管期限的会计凭证可以销毁。《会计档案管理办法》规定：企业和其他组织会计档案保管期限表序号档案名称保管期限备注一会计凭证类1.原始凭证15年2.记账凭证15年3.汇总凭证15年二会计账薄4.总账15年包括日记总账。5.明细账15年6.日记账15年现金和银行存款日记账保管25年。7.固定资产卡片固定资产报废清理后保管5年。8.辅助账簿15年三财务报告类包括各级主管部门汇总财务报告。9.月、季度财务报告3年包括文字分析10.年度财务报告（决算）永久包括文字分析四其他类11.会计移交清册15年12.会计档案保管清册永久13.会计档案销毁清册永久14.银行余额调节表5年15.银行对账单5年附：财政总预算、行政单位、事业单位和税收会计档案保管期限表保管期限序号档案名称财政总行政单位税收备注预算事业单位会计一会计凭证类1.国家金库编送的各种报10年10年表及缴库退库凭证2.各收入机关编送的报表10年3.行政单位和事业单位的15年包括：原始凭证、各种会计凭证记账凭证和传票汇总表。4.各种完税凭证和缴、退15年缴款书存根联在销号库凭证后保管2年。5.财政总预算拨款凭证及15年包括：拨款凭证和其其他会计凭证他会计凭证。6.农牧业税结算凭证15年二会计账簿类7.日记账15年15年8.总账15年15年15年9.税收日记账（总账）和25年税收票证分类出纳账10.明细分类、分户账或登15年15年15年记簿11.现金出纳账、银行存款25年25年账12.行政单位和事业单位固行政单位和事业单位定资产明细账（卡片）固定资产报废清理后保管5年。三财务报告类13.财政总预算永久14.行政单位和事业单位决算10年永久15.税收年报（决算）10年永久16.国家金库年报（决算）10年17.基本建设拨、贷款年报10年（决算）18.财政总预算会计旬报3年所属单位报送的保管2年。19.财政总预算会计月、季度5年所属单位报送的保管报表2年。20.行政单位和事业单位会计5年所属单位报送的保管月、季度报表2年。21.税收会计报表（包括票证10年电报保管1年，所属报表）税务机关报送的保管3年。四其他类22.会计移交清册 15年15年15年23.会计档案保管清册永久永久永久24.会计档案销毁清册永久永久永久注：税务机关的税务经费会计档案保管期限，按行政单位会计档案保管期限规定办理。
会计凭证是不能自行销毁的，会计凭证包括原始凭证和记账凭证，保管的期限都是15年，过了15年以后如果需要销毁，通过相关部门审批以后可以销毁，这点在会计档案的保管中做了严格的规定。
会计档案保存期限届满，最好的办法是写个申请给税务部门，获得批准后再销毁
通常财务软件系统的记账凭证，需要作废，是在总帐系统下的记账凭证里，点击作废按钮，即可完成会计记账凭证的注销。
